1926年1月1日至9日，国民党二大在广州召开，毛在会上作宣传报告。受主席团委托，毛修改《农民运动决议案》。会上毛再次当选中央候补执行委员，任国民党中央农民运动委员会委员。2月毛被任命为国民党中央农民部主办的农民运动讲习所所长，接办农讲所第6期讲习班。讲习所是1924年由苏联出资办起来的。这时，毛才真正开始搞农民运动。在他的主持下，讲习所培训农村鼓动者，到乡下去组织农民协会，发动穷人反对富人。随着国民党军队占领湖南，7月后湖南农运轰轰烈烈地开展起来了。

1926年5月15日至22日，召开国民党二届二中全会，通过蒋介石提出的《整理党务案》，迫使在国民党内担任部长的共产党员纷纷辞职，毛辞去代理宣传部长，全力投入农讲所。毛给农讲所学生讲授时说，辛亥革命至五卅运动之所以失败，就是完全未得三万万二千万农民拥护和帮助。并说，国民革命如不能解决农民问题，则各阶级问题也无由解决，一再强调“中国国民革命是农民革命”。毛两次带领学生到韶关和海丰，实习和考察当地农民运动。在国民党的一系列会议和各部门会议上，几乎每会必讲农民，必讲农运，必讲土地问题。

1926年11月，毛任中共中央农民运动委员会书记，1927年与邓演达等在武昌创办并主持国民党中央农民运动讲习所分所。