毛一解放就抓知识分子改造，是因为知识分子讲独立自由，毛非把他们改造得服服贴贴不可。1951年9月29日，周恩来按照毛的指示，在京津高等学校教师学习会上，向20所高校3000余名教师，作题为《关于知识分子改造问题》的报告，周结合自己改造思想的经历，要求知识分子站在人民立场上，再经过学习和实践，站到工人阶级立场上来。所谓工人阶级立场，实际上就是毛的立场，毛代表工人阶级。

1951年10月23日，毛在政协会议上说：“思想改造，首先是各种知识分子的思想改造，是我国彻底实现民主改革和实行工业化的重要条件之一。”《人民日报》在同一天，发表《认真展开高等学校教师思想改造运动》。思想改造运动进入高潮。

周恩来根据毛的指示，规定思想改造运动从政治学习入手，逐步发展到组织清理。曾在海外留学的知识分子，被迫承认是“帝国主义文化侵略的实施者”，同时，作家也被下令学习毛的《在延安文艺座谈会上的讲话》，进行自我批评，包括开批判会和斗争会。

1951年11月30日，中央发出《在学校进行思想改造和组织清理的指示》，要求在所有大、中、小学校教职员，和高中以上学生中，普遍进行思想改造，在大中小学教职员，专科以上学生中，发起交代历史运动，清理反对分子。

思想改造不久转化为思想洗澡。中央于1952年1月4日，发出《立即限期发动群众开展“三反”斗争》的指示，接着于光远、许立群、艾思奇等人发表文章，“炮轰”资产阶级思想。以体制及权力强迫思想转变，高校学习改造运动升级，随着“三反”运动，全国批判肃清资产阶级思想。

所谓思想洗澡，也就是洗脑。说洗澡轻松好听些。教师在运动中被迫“排队洗澡”，教育部领导人根据毛的指示精神说：“尽量用热水烫这些人，只要烫不死就成。”让他们在大会、小会上一次又一次作检讨，用广播、大字报揭露他们的劣迹，发动青年党团员给这些人“搓背”。在检讨会上通不过，再跟到老教师家里去，观察他们言行，只要有一言半语不合，第二天在检讨会中,再加新罪名。

到1952年秋运动结束时，91%的全国高教教职员工，80%大学生，被接受“思想洗澡”。所谓思想洗澡，使知识分子独立性消失。思想改造配合组织清理，瓦解了知识分子独立性，无论是自愿归属，还是被迫依附，知识分子在运动的表现，说明知识分子正在成为毛的思想权威的奴隶，他们精神自由和独立品格，正在消退。独立精神基本上被摧毁，尽管他们未必真正转变，这次改造运动，强化了毛对文化教育领域的控制力。

在毛强调“阶级斗争”的大框架里，知识分子被打上阶级烙印，他们都是出身于小资产阶级，资产阶级或地主阶级。他们受过帝国主义的，买办资产阶级的和封建主义的教养。毛认为他们的思想充满着毒素，他们的灵魂不健康，有些甚至是反动的，用马列主义和毛的思想去教育他们，改造他们，使他们从旧的椅子上，把屁股移到无产阶级方面来，确立为共产党服务的人生观，是急不容缓的。在此大框架中，知识分子因“灵魂不健康”要接受思想改造。

思想改造运动，为1952年秋开始的全国性院系调整，扫清了思想障碍。思想改造运动达成预期目的，部分知识分子对运动不满情绪和反对言论，被暂时压制，但4年后在“百花齐放、百家争鸣”较宽松的政治氛围下，就强烈爆发了出来，成为从“整风运动”转向“反右运动”的起源。